とうもろこしは他のイネ科穀物と違い、祖先野生種が見つかっていません。トウモロコシの起源には2つの主要な説がありますが、どちらにしても作物化は他のイネ科穀物よりは困難だったと思われます。
野生のとうもろこしは、かっては7000年前にメキシコ南部のテフアカン渓谷に存在したと考えられていた。しかし最近の研究では、4600年前ごろ初めて渓谷に出現したことが明らかになっています。初期の野生種は、基本的にほとんど現代のトウモロコシと同じ構造をしていました。

テオシントは食用にならない小さな実が10個程度生るのみで、外見もトウモロコシとは明らかに違います。

ヨーロッパには大航海時代に伝わり、アフリカ大陸には16〜17世紀に伝わりました。
また、アジアには16世紀初めに伝わりました。

日本には1579年にポルトガル人から長崎または四国にフリント種が伝わりました。
南蛮船が運んで来たことからナンバンキビと呼ばれました。江戸時代に入って栽培は広がり、特に水田や畑地が少ない地域で、重要な食糧となっていきました。
本格的に栽培されるようになったのは、明治初期にアメリカから北海道にとうもろこしの新種（スイートコーン、デントコーン）が導入されてからであります。